生物有機肥營養元素齊全；化肥營養元素只有一種或幾種。生物有機肥能夠改良土壤；化肥經常使用會造成土壤板結。

生物有機肥能提高產品品質；化肥施用過多導致產品品質低劣。生物有機肥能改善作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發生病蟲害。

生物有機肥能促進化肥的利用，提高化肥利用率；化肥單獨使用易造成養分的固定和流失。生物有機肥完全腐熟，不燒根，不爛苗；精制有機肥未經腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，會引起燒苗現象。生物有機肥經高溫腐熟，殺死了大部分病原菌和蟲卵，減少病蟲害發生；精制有機肥未經腐熟，在土壤中腐熟時會引來地下害蟲。